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Saatgut lässt sich durch seine Trockenheit in der Regel gut lagern. Die Keimfähigkeit und Samenqualität nehmen jedoch durch Sonneneinstrahlung, Feuchtigkeit und Sauerstoff ab. Es empfiehlt sich daher nicht, allzu große Mengen auf Vorrat zu kaufen und die Samen dunkel, kühl und trocken zu gelagern.
Vitamine und Mineralstoffe bleiben am besten erhalten, wenn die Sprossen roh verzehrt werden. Eine Ausnahme bilden die meisten Hülsenfrüchte. Sie enthalten im rohen Zustand Inhaltsstoffe, die die Eiweißverdauung behindern und die roten Blutkörperchen verkleben lassen. Deshalb ist es ratsam, Sprossen von Hülsenfrüchten vor dem Verzehr zu erhitzen. Nur Mungobohnen und Linsen können auch roh gegessen werden.
In luftdichten Behältern können die Sprossen zwei bis drei Tage im Kühlschrank aufbewahrt werden. Jedoch sammelt sich in den Behältern schnell Feuchtigkeit, die den Bakterien- und Schimmelpilzbefall begünstigt. Bei längerer Lagerung sollten die Sprossen deshalb weiterhin gespült werden.
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