Zitrusbäume tragen immer gleichzeitig Blüten und Früchte, so dass theoretisch das ganze Jahr geerntet werden könnte. Die Haupterntezeit in Südeuropa geht jedoch von November bis März. Da Zitrusfrüchte nicht nachreifen, ist der Zeitpunkt der Ernte sehr wichtig. Je nach Art reifen sie sechs bis 18 Monate am Baum.
Saftapfelsinen werden mit Hilfe von Rüttelmaschinen geerntet. Die Ernte der restlichen Früchte erfolgt hauptsächlich durch Pflücker, die diese mit einer Schere abschneiden. Anders als vielleicht angenommen hat die Farbe der Schale nichts mit dem Reifegrad der Frucht zu tun. Nach dem Pflücken bleiben die Früchte fünf Tage liegen. Die Schale schrumpft, so dass sie widerstandsfähig und fest wird. Schließlich werden die Früchte in ein Bad mit Fungiziden getaucht und mit künstlichem Wachs besprüht. Manchmal ist zusätzlich das Packpapier mit Mitteln gegen Schimmelbefall imprägniert. Ausnahme sind hier Bio-Früchte, die weder während des Wachstums gespritzt noch nach der Ernte chemisch behandelt werden. Sie sind aber oft kleiner und unregelmäßiger in der Form als Früchte aus konventionellem Anbau. Abschließend werden Zitrusfrüchte nach Größe, Farbe und Handelsklasse sortiert.
