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Por lo general, es fácil almacenar las semillas cuando están secas. Sin embargo, la capacidad de germinar de la semilla y su calidad disminuyen con la radiación del sol, la humedad y el oxígeno. Por esta razón se recomienda que no se compren grandes cantidades de semillas por adelantado y que estas sean almacenadas en algún sitio oscuro, fresco y seco.
Las vitaminas y minerales se conservan mejor si los brotes se comen crudos. Una excepción la constituyen la mayoría de alubias y legumbres. Cuando están crudas contienen sustancias nutritivas que facilitan la digestión de proteínas y hacen que los glóbulos rojos permanezcan juntos. Por esta razón, es aconsejable calentar los brotes de legumbres antes de su consumo. Sólo los frijoles mungos y las lentejas pueden comerse crudos.
Los brotes pueden almacenarse durante dos o tres días en un contenedor hermético en la nevera. Sin embargo, enseguida se forma humedad en el contenedor, algo que favorece el ataque de las bacterias y el moho. Por lo tanto, de ser almacenados durante periodos más largos, los brotes deberían volver a enjuagarse.
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