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I semi possono essere conservati facilmente dato che sono secchi. Tuttavia, la capacità di germinazione e la qualità del seme diminuiscono con l’esposizione al sole, umidità e ossigeno. Per questo motivo, si consiglia di non acquistare anticipatamente grossi quantitativi di semi e di conservare i semi in un luogo buio, fresco e asciutto.
Vitamine e minerali sono mantenuti maggiormente se i germogli sono consumati crudi. Una eccezione a questa regole vale per la maggior parte di legumi e piante leguminose. Allo stato crudo contengono proprietà nutrienti che impediscono la digestione di proteine e che fanno attaccare tra loro gli eritrociti. Per questo motivo è consigliabile scaldare i germogli di piante leguminose prima di consumarli. Solo i fagioli mungo e le lenticchie possono essere mangiati anche crudi.
I germogli posso essere conservati in frigorifero per due o tre giorni in un contenitore sotto vuoto. Tuttavia nel contenitore si forma facilmente umidità che può favorire attacchi da batteri e muffe. Se conservati per periodi più lunghi è quindi necessario continuare a sciacquare i germogli.
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